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- Managing the herdbook of an endangered Portuguese swine population: the Malhado de Alcobaça pigPublication . Vicente, António; Roque, A.; Bastos, J.; Carolino, NunoMalhado de Alcobaça breed is the 3rd Portuguese native swine breed and represents a population from the centre west of Portugal and was officially recognised in 2003. The herdbook has information of more than 11,000 animals (1985-2020) and the last animals have more than 10 known generations on their pedigree. It´s a very endangered breed with only 211 breeding sows, 12 boars and 9 active breeders. Since 2014 all candidates for breeding must be submitted to a grading process by analysing their morphology under 5 marks and, at the same time, placing an ear tag ID, collecting, simultaneously, tissue for DNA analysis, for parentage testing and genetic characterisation. All data from the gradings was analysed to obtain the descriptive statistics and the linear and quadratic effect of age at grading, besides considering the effects of breeder, gender and year. Since 2014, 448 pigs where graded (415 sows and 33 boars) with average age of 15.87±8.88 months (15.96±8.99♀; 14.61±7.35♂). Only 7 different breeders produced breeding sows and boars, and 4 of them are responsible for 83% of the breeding stock in use. For the grading grid (scale with maximum of 10 pts.) the average scores for morphology were 8.54±0.72 pts for type and development; 8.35±0.68 pts for back, loin and croup; 8.24±0.64 pts for shoulders, chest, belly and flanks; 7.99±0.81 pts for legs, stances and gaits; and 8.43±0.66 pts for sexual characteristics, genitals and nipples, obtaining and overall sum of 82.58±4.45 pts. Globally boars obtain more 1.5 points than sows and the score for legs was the lowest with higher coefficient of variation. Breeder and year of grading were significant (P<0.05) for all morphological traits analysed and gender was only significant (P<0.001) for back, loin and croup. Age at grading had a significant linear effect (P<0.05) in Overall sum and for some partial morphological scores
- Classificação morfológica do porco Malhado de Alcobaça ao livro de reprodutoresPublication . Vicente, António; Faria, RAS; Santos, J.J.; Bastos, J.; Carolino, NunoA raça suína autóctone Malhado de Alcobaça apresenta um efetivo adulto atual de ~275 fêmeas reprodutoras e 25 varrascos (12 criadores). O Livro Genealógico (LGMA) gerido pela FPAS, foi constituído em 2014 e, desde então, iniciou-se a classificação morfológica dos candidatos a reprodutores. Os animais são pontuados para o LGMA, identificados com brinco LGMA, procedendo-se à colheita de material biológico para controlo de filiação. A grelha de classificação morfológica consiste em 5 notas parciais, ponderadas com diferentes coeficientes consoante o sexo (fêmea - F, macho - M): 1) Tipo e desenvolvimento – TD (coef. 2M, 1.5F); 2) Dorso, lombo e garupa – DLG (coef. 2.5M, 2F); 3) Pás, peito, ventre e flancos – PPVF (coef. 2M, 3F); 4) Membros, aprumos e andamentos – MAA (coef. 2.5M, 2.5F); e 5) Características sexuais, genitais e mamilos – CS (coef. 1M, 1F). A pontuação total (PT) obtém-se pela soma ponderada dos 5 parciais. Estimaram-se estatísticas descritivas das pontuações através do PROC MEANS e CORR e os efeitos do ano de classificação, sexo, classificador e idade à pontuação (linear e quadrático) através do PROC GLM do programa SAS. Existem 19 criadores com animais pontuados, e, do total de 916 animais pontuados, 832 eram fêmeas e 84 machos (90,83% | 9,17%). Foram classificados animais desde 2014 até 2024, com um máximo de 188 em 2015 e uma média de reprodutores pontuados/ano de 83,3±48,3 animais (CV=58,0%). Neste período existiram 2 classificadores tendo o nº1 pontuado 768 (2014-2022) e o nº2148 indivíduos (2023-2024). A idade à pontuação apresentou uma ampla dispersão (CV=72,5%), com valor médio de 13,65±9,90 meses (mínimo 6, máximo 143). A classificação das regiões corporais oscilou entre 7,98±0,78pontos (MAA) e 8,58±0,72pontos (TD), com valores mínimos de 4 e máximos de 10 pontos (CV 7,3-9,7%). Para a PT o valor médio foi 83,22±4,37pontos (mínimo 66; máximo 96 pontos) (CV=5,3%). Globalmente a idade à classificação (efeito linear e quadrático) foi sempre significativa (P<0,05) e na maioria dos parâmetros também o foi para o efeito do sexo (exceção MAA e CS) e classificador (exceção TD e CS). Existiu evolução positiva (P<0,05) nas notas dadas à apreciação morfológica ao longo dos anos de classificação (à exceção CS). As médias dos quadrados mínimos foram superiores para machos na classificação morfológica e igualmente no efeito do classificador, com superioridade do nº2 (~+2,8 pts na PT). As correlações de Pearson entre variáveis foram globalmente significativas para as características avaliadas com a idade, à exceção do TD, sendo a mais elevada entre a PT e PPVF (0,641). Por uma análise de coeficientes de trajeto, estudou-se a influência de cada parcial da classificação morfológica para a PT sendo mais relevante o efeito de PPVF (29% do total) e com menor peso o CS (somente 3%).
- Importância da classificação de todos os reprodutores Malhado de Alcobaça no livro de adultos da raçaPublication . Vicente, António; Roque, A.; Bastos, J.; Anselmo, R.; Carolino, Nuno
- Raça suína Large White – avaliação genética 2023Publication . Carolino, Nuno; Almeida, L.; Pimpão, G.; Bastos, J.; Silveira, M.; Vicente, António
- Raça suína Malhado de Alcobaça – avaliação genética 2023Publication . Carolino, Nuno; Carolino, I.; Santos, J.J.; Bastos, J.; Silveira, M.; Vicente, António
- Estrutura genética do porco Malhado de Alcobaça por meio de estatísticas f de WrightPublication . Vicente, António; Faria, RAS; Santos, J.J.; Bastos, J.; Carolino, NunoO porco Malhado de Alcobaça (MA), apresenta-se, em 2024, como uma das raças autóctones portuguesas em maior risco de erosão genética. O objetivo deste estudo foi obter informações aprofundadas sobre a estrutura genética da raça por intermédio da estatística F de Wright. A população total de suínos da raça MA, até 2022, continha 18.319 animais (47,6% machos), nascidos entre 1987 e 2022 e destes, foram criadas e avaliadas duas subpopulações de referência. A subpopulação de referência 1 (Sp1) com 10.652 animais (50,9% machos) nascidos de 2013 a 2019, contendo sensivelmente três gerações, e a subpopulação de referência 2 (Sp2) constituída por 5.561 animais (51,3% machos) nascidos entre 2020 e 2022, duração aproximada de uma geração. A estrutura genética do MA foi avaliada pela estatística F de Wright e foram obtidos resultados para o coeficiente de consanguinidade individual em relação à população total (FIT), com valores de 0,009 (Sp1) e 0,015 (Sp2), indicando redução da heterozigotia dos indivíduos em relação à população total, sugerindo a prática de acasalamento consanguíneos. Os valores do coeficiente de consanguinidade do indivíduo em relação à subpopulação (FIS) foram de 0,058 (Sp1) e 0,061 (Sp2), e sinalizam igualmente uma redução da heterozigotia, igualmente, devido à existência de acasalamentos entre animais aparentados nas Sp1 e Sp2. Por último, avaliou-se o coeficiente de consanguinidade médio da subpopulação em relação à população total (FST), denominado também por índice de fixação, sendo o mais importante, apresentando a variância genética que explica a estrutura da população avaliada. Compreende um intervalo de 0 a 1 (como os demais), forneceu resultados de 0,002 e 0,004 para Sp1 e Sp2, respetivamente. Os valores de FST quando < 0,05, indicam pouca diferença genética entre as subpopulações e a população total, sendo o observado no presente estudo. Os resultados sugerem perda de variabilidade genética na raça MA, por utilização de sistemas de acasalamento consanguíneos e recurso a um reduzido número de animais reprodutores, indicando elevado desvio de uma população em equilíbrio ideal (Hardy Weinberg). Os valores superiores observados na última geração (Sp2), indicam uma maior preocupação e controle sobre os acasalamentos, tendo os criadores evitado animais com elevada consanguinidade. Mesmo assim, não é suficiente e será necessário, um acompanhamento constante da raça MA, com apoio aos criadores por parte da associação e sugestão de acasalamentos dirigidos (animais menos aparentados), considerando que existem apenas cerca de 300 reprodutores Malhados de Alcobaça em atividade (25 machos e ~275 fêmeas).
- Raça suína Malhado de Alcobaça: caracterização genética por análise demográfica - 2022Publication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Vitorino, Andreia; Carolino, Inês; Bastos, J.; Silveira, M.
- Genetic evaluation for productive traits in endangered Portuguese Malhado de Alcobaça pigPublication . Vicente, A.; Bastos, J.; Silveira, M.; Carolino, I.; Carolino, N.Malhado de Alcobaça (MA) is a swine breed from center west Portugal, recognized in 2003. Herdbook (LGMA) has information of >17,000 animals (1985-2022). It´s a very endangered breed with only 244 sows, 18 boars and 12 breeders. Within the scope of MA’s genetic conservation plan, for genetic evaluation, genetic parameters and fixed effects were estimated for birth weight (PN), for adjusted weight at 30 d (P30) and at 90 d (P90). Pedigree records (n=16,883) and weighing records (nPN=9,198; nP30=5,799; nP90=2,429) from LGMA of 362 litters were compiled. Genetic parameters and fixed effects, genetic values and precisions were predicted for PN, P30 and P90, through BLUP, with a mixed model including fixed effects of breeder × year of birth, season of birth, sex, age of mother (linear / quadratic effect) and as random effects genetic value of animal, maternal genetic effect and permanent environmental effect of litter. Fixed effects of prolificacy and number of weaned piglets were included as covariates, respectively, in PN and P30/P90 analyses. Mean values for PN 1.32±0.28 kg, 7.16±1.6 kg P30 and 34.1±6.4 kg P90 were recorded. For PN, P30 and P90, respectively, a heritability for direct effects of 0.170±0.156, 0.145±0.161 and 0.293±0.175; a maternal heritability of 0.084±0.109, 0.124±0.173 and 0.250±0.186 and a genetic correlation between direct and maternal effects of -0.344, -0.524 and -0.174 was estimated. Permanent environmental effect of litter was 0.395±0.056 PN, 0.403±0.086 P30 and 0.129±0.047 P90. In fixed effects, a superiority was observed for males of +0.031 kg PN, +0.046 kg P30 and +0.201 P90. Breeder × year effect showed maximum differences of 0.93, 5.21 and 19.25 kg for PN, P30 and P90, respectively, with Spring being the best season of birth. Sow age at farrowing had a quadratic effect for all traits. For each increase of 1 piglet in prolificacy, PN, P30 and P90 were reduced by 4, 7 and 58 g, respectively.
- Raça suína Malhado de Alcobaça: avaliação genética 2024Publication . Carolino, Nuno; Carolino, I.; Santos, J.J.; Bastos, J.; Silveira, M.; Pedro Andrade Vicente, António