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- Genetic structure, relationships and admixture with wild relatives in native pig breeds from Iberia and its islandsPublication . Gama, Luis; Martinez, Amparo; Carolino, Inês; Landi, Vincenzo; Delgado, Juan; Vicente, António; Sousa, ConceiçãoBackground: Native pig breeds in the Iberian Peninsula are broadly classified as belonging to either the Celtic or the Mediterranean breed groups, but there are other local populations that do not fit into any of these groups. Most of the native pig breeds in Iberia are in danger of extinction, and the assessment of their genetic diversity and population structure, relationships and possible admixture between breeds, and the appraisal of conservation alternatives are crucial to adopt appropriate management strategies. Methods: A panel of 24 microsatellite markers was used to genotype 844 animals representing the 17 most important native swine breeds and wild populations existing in Portugal and Spain and various statistical tools were applied to analyze the results. Results: Genetic diversity was high in the breeds studied, with an overall mean of 13.6 alleles per locus and an average expected heterozygosity of 0.80. Signs of genetic bottlenecks were observed in breeds with a small census size, and population substructure was present in some of the breeds with larger census sizes. Variability among breeds accounted for about 20% of the total genetic diversity, and was explained mostly by differences among the Celtic, Mediterranean and Basque breed groups, rather than by differences between domestic and wild pigs. Breeds clustered closely according to group, and proximity was detected between wild pigs and the Mediterranean cluster of breeds. Most breeds had their own structure and identity, with very little evidence of admixture, except for the Retinto and Entrepelado varieties of the Mediterranean group, which are very similar. Genetic influence of the identified breed clusters extends beyond the specific geographical areas across borders throughout the Iberian Peninsula, with a very sharp transition from one breed group to another. Analysis of conservation priorities confirms that the ranking of a breed for conservation depends on the emphasis placed on its contribution to the betweenand within-breed components of genetic diversity. Conclusions: Native pig breeds in Iberia reveal high levels of genetic diversity, a solid breed structure and a clear organization in well-defined clusters.
- Caractérisation démographique du cheval lusitanienPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, Luis
- Análise da estrutura genética de populações ovinas churras portuguesasPublication . Santos-Silva, F.; Ivo, R.; Sousa, M. C.; Vicente, António; Carolino, M. I.; Carolino, Nuno; Gama, LuisA diversidade e estrutura genética foram estudadas em seis raças portuguesas do grupo Churro (Badana, Galega Bragançana, Galega Mirandesa, Mondegueira, Churra da Terra Quente e Algarvia), e na raça exótica Assaf, com um conjunto de 20 microssatélites. Os dados foram analisados com a metodologia bayesiana implementada pelo software STRUCTURE. A variabilidade genética observada sugere a existência de quatro populações ancestrais na sua origem. As raças Assaf e Algarvia estão bem identificadas com populações ancestrais distintas, o que resultará do seu distanciamento geográfico relativamente às restantes raças. As outras raças Churras, cuja área de exploração é o Norte de Portugal, mostram um grau de diferenciação reduzido, e resultam de duas populações ancestrais que contribuem em maior ou menor proporção para cada raça, o que indica que provavelmente terá existido fluxo de genes entre estas raças.
- Biodiversidade caprina em PortugalPublication . Carolino, Nuno; Sousa, C. B.; Carolino, I.; Santos-Silva, F.; Sousa, C. O.; Vicente, António; Ginja, C.; Gama, LuisEm Portugal a produção de caprinos está normalmente associada a zonas pobres e a recursos agrossilvopastoris dificilmente aproveitáveis por outras espécies. O efetivo caprino é atualmente constituído por cerca de 340 mil fêmeas reprodutoras, 1/8 das quais representadas pelas raças autóctones Algarvia, Bravia, Charnequeira, Preta de Montesinho, Serpentina e Serrana. A origem e evolução dos efetivos caprinos portugueses são controversas, mas diversos autores sugerem que resultam de cruzamentos entre animais provenientes de diversas regiões da Península Ibérica e do norte de África. As atuais seis raças autóctones apresentam um grau de diferenciação inter-racial reduzido, mas níveis elevados de diversidade genética. A maioria dos caprinos é explorada em sistemas extensivos, em equilíbrio com o meio ambiente, na dupla vertente carne-leite, em que o leite produzido é utilizado no fabrico de queijo. Devido à diversidade de raças caprinas e de sistemas de produção, bastante associados a tradições e às características edafoclimáticas de cada região, existe uma grande variedade de produtos transformados (queijos e carne), alguns deles com certificações reconhecidas pela União Europeia (Denominação de Origem Protegida, Indicação Geográfica Protegida e Especialidade Tradicional Garantida). Presentemente, todas as raças caprinas autóctones dispõem de programas de conservação e melhoramento, da responsabilidade das Associações de Criadores gestoras dos livros genealógicos, com o apoio de várias instituições e a supervisão do Ministério da Agricultura. Contribuindo para o sustento de inúmeras empresas agrícolas familiares portuguesas, os caprinos são fundamentais para a fixação de populações no espaço rural e para a sua gestão sustentável. Não sendo um sector em expansão, a caprinicultura portuguesa, continua a desempenhar um papel extremamente importante do ponto de vista socioeconómico e cultural nas regiões mais desfavorecidas do interior do país.
- Indicadores demográficos no cavalo lusitanoPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, LuisO cavalo de Puro-Sangue Lusitano representa a principal raça equídea autóctone de Portugal, e tem um efectivo registado de aproximadamente 4 mil fêmeas reprodutoras. A partir da base de dados do Registo Nacional de Equinos da Fundação Alter Real compilou-se um ficheiro de genealogias com 50603 indivíduos, nascidos entre 1824 e 2007. Até 2007, o número de animais inscritos no Livro de Adultos (Reprodutores) da raça, era de 15 496 (4195 machos e 11301 fêmeas). O intervalo de gerações estimado foi de 10,4 anos (machos 11,2 e fêmeas 9,6 anos) sendo o número médio de gerações conhecidas de 10,1. O grau de preenchimento de genealogias na raça é muito completo, com cerca de 100% de preenchimento em pais, avós e bisavós dos animais actualmente existentes. Estimou-se o coeficiente médio de consanguinidade para a população em 9,91% para animais nascidos em 2006, sendo consanguíneos 98,4% dos animais nascidos. O DF/ano foi de 0,20% e o tamanho efectivo da população de 24,45 para os animais nascidos a partir de 1995 até 2006. Tem-se verificado um aumento da taxa de consanguinidade e redução no tamanho efectivo da população ao longo do tempo, com aumento nos últimos anos da frequência de indivíduos nas classes de consanguinidade mais elevada.