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- Genetic structure, relationships and admixture with wild relatives in native pig breeds from Iberia and its islandsPublication . Gama, Luis; Martinez, Amparo; Carolino, Inês; Landi, Vincenzo; Delgado, Juan; Vicente, António; Sousa, ConceiçãoBackground: Native pig breeds in the Iberian Peninsula are broadly classified as belonging to either the Celtic or the Mediterranean breed groups, but there are other local populations that do not fit into any of these groups. Most of the native pig breeds in Iberia are in danger of extinction, and the assessment of their genetic diversity and population structure, relationships and possible admixture between breeds, and the appraisal of conservation alternatives are crucial to adopt appropriate management strategies. Methods: A panel of 24 microsatellite markers was used to genotype 844 animals representing the 17 most important native swine breeds and wild populations existing in Portugal and Spain and various statistical tools were applied to analyze the results. Results: Genetic diversity was high in the breeds studied, with an overall mean of 13.6 alleles per locus and an average expected heterozygosity of 0.80. Signs of genetic bottlenecks were observed in breeds with a small census size, and population substructure was present in some of the breeds with larger census sizes. Variability among breeds accounted for about 20% of the total genetic diversity, and was explained mostly by differences among the Celtic, Mediterranean and Basque breed groups, rather than by differences between domestic and wild pigs. Breeds clustered closely according to group, and proximity was detected between wild pigs and the Mediterranean cluster of breeds. Most breeds had their own structure and identity, with very little evidence of admixture, except for the Retinto and Entrepelado varieties of the Mediterranean group, which are very similar. Genetic influence of the identified breed clusters extends beyond the specific geographical areas across borders throughout the Iberian Peninsula, with a very sharp transition from one breed group to another. Analysis of conservation priorities confirms that the ranking of a breed for conservation depends on the emphasis placed on its contribution to the betweenand within-breed components of genetic diversity. Conclusions: Native pig breeds in Iberia reveal high levels of genetic diversity, a solid breed structure and a clear organization in well-defined clusters.
- Genetic diversity in the Lusitano horse breed assessed by pedigree analysisPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, LuisGenetic diversity and population structure were analyzed in the Lusitano horse breed based on pedigree information of animals registered in the Studbook, to identify factors which may have affected the genetic variability of the breed, and provide the bases for the establishment of sustainable utilization programs. Pedigree records collected from 1824 to 2009, including information on 53,411 animals, were used in the analyses. The mean generation interval was 11.33±5.23 and 9.71±4.48 years for sires and dams, respectively, while the mean number of offspring registered was 13.13±22.53 for stallions and 4.00±3.38 for mares. All great-grandparents were known for the animals in the reference population (registered foals born from 2005 to 2009, n=9712), which had a mean number of equivalent generations known of 11.20±0.71 and an average inbreeding of 11.34±7.48%. For this population, the rate of inbreeding per year was 0.173±0.070, and the effective population size computed from this rate was about 28. The mean relationship among animals from the same and from different studs was 0.31±0.16 and 0.15±0.10, respectively. In spite of the high within-stud relationship, inbreeding has been kept lower than expected due to restrictions imposed by breeders on selection and allocation of mates. The effective number of founders, ancestors and studs contributing to the current genetic pool was 27.5, 11.7 and 5.4, respectively. Over the last 30 years, contributions to the genetic pool of Lusitano have been decreasing, with a reduction to about one-half in the effective number of founders and ancestors. Of the 267 founder sires, only 9 Y-chromosome sources are currently represented, with an effective number of 2.23. The diversity of mt-DNA sources is broader, with 129 lineages represented and an effective number of 42.8. The results of our study reflect the intensive emphasis that has been placed on a few sire-families over the years, and raise concerns regarding the conservation of genetic diversity for the future. Methods designed to minimize inbreeding and maximize the maintenance of genetic contributions from different founders and ancestors should be envisaged, to prevent further losses of genetic variability in the Lusitano horse breed.
- Caractérisation démographique du cheval lusitanienPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, Luis
- Análise da estrutura genética de populações ovinas churras portuguesasPublication . Santos-Silva, F.; Ivo, R.; Sousa, M. C.; Vicente, António; Carolino, M. I.; Carolino, Nuno; Gama, LuisA diversidade e estrutura genética foram estudadas em seis raças portuguesas do grupo Churro (Badana, Galega Bragançana, Galega Mirandesa, Mondegueira, Churra da Terra Quente e Algarvia), e na raça exótica Assaf, com um conjunto de 20 microssatélites. Os dados foram analisados com a metodologia bayesiana implementada pelo software STRUCTURE. A variabilidade genética observada sugere a existência de quatro populações ancestrais na sua origem. As raças Assaf e Algarvia estão bem identificadas com populações ancestrais distintas, o que resultará do seu distanciamento geográfico relativamente às restantes raças. As outras raças Churras, cuja área de exploração é o Norte de Portugal, mostram um grau de diferenciação reduzido, e resultam de duas populações ancestrais que contribuem em maior ou menor proporção para cada raça, o que indica que provavelmente terá existido fluxo de genes entre estas raças.
- Avaliação do desempenho produtivo de suínos de raça Alentejana submetidos a acabamento intensivo até elevado peso de abatePublication . Roque, António; Pardal, Paulo Reis Branco; Almeida, J.; Bressan, C.; Gama, LuisA raça autóctone suína Alentejana, com solar na região do Alentejo, tem sido desde sempre explorada em sistemas de produção extensivos ou semi-intensivos, em virtude da sua capacidade para converter os frutos do montado, lande e bolota, em carne e gordura. A montanheira é, no entanto, um recurso limitado, apenas disponível durante uma época do ano e sujeito a variações anuais, pelo que a exploração destes animais em sistema intensivo pode constituir uma alternativa ao sistema tradicional. Avaliou-se o desempenho produtivo, a acumulação de gordura subcutânea e o aumento da espessura do músculo Longissimus dorsi de suínos Alentejanos machos castrados, submetidos a engorda intensiva, até um peso elevado ao abate (160 kg). Analisaram-se dados de 30 animais, ao longo do seu crescimento / engorda intensiva, dos 60 aos 160 kg de PV. Os animais foram pesados semanalmente e a ingestão de alimento, limitada a 4% do PV, controlada individual e diariamente. Avaliou-se por ultra-sonografia aos 60, 90, 120 e 160 kg de PV a espessura do músculo Longissimus dorsi, ao nível do P2 (a 65 mm da linha média ao nível da última costela) e da gordura subcutânea no ponto P2 e sobre a apófise medial da última vertebra lombar. Os GMD dos animais foram de 865 ± 179 g, 1041 ± 207 g e 776 ± 116 g, nos períodos 60-90, 90-120 e 120-160kg, respetivamente. Estes valores de GMD, em acabamento intensivo e, em particular, no período 90-120 kg, são muito superiores aos valores referidos na bibliografia para porcos de raça Alentejana explorados no sistema tradicional. A ingestão alimentar, apesar da sua limitação, foi proporcionalmente mais elevada, que o GMD, o que se traduziu num elevado IC (4,79 ± 0,87, 4,45 ± 1,17 e 6,78 ± 0,92, nos períodos 60-90, 90-120 e 120-160 kg, respetivamente). A espessura de gordura subcutânea ao nível do P2 e da última vertebra lombar apresentaram valores próximos nos vários tempos avaliados. O incremento de acumulação de gordura subcutânea, observado com o aumento de peso do animal, foi particularmente elevado, evidenciando uma elevada capacidade de deposição de tecido adiposo a par do limitado potencial de desenvolvimento muscular, característico da raça suína Alentejana. No sistema de engorda intensivo praticado neste estudo, os animais da raça Alentejana apresentaram um desempenho produtivo pouco interessante, devido a uma reduzida taxa de conversão alimentar, a par do elevado período de tempo necessário para atingir pesos elevados de abate. Os resultados obtidos evidenciaram um forte incremento da gordura subcutânea dorsal, acompanhado de um aumento moderado da espessura do músculo Longissimus dorsi.
- Crescimento e qualidade da carcaça de suinos Landrace X Large White submetidos a acabamento intensivo até elevado peso de abatePublication . Ferreira, P.; Pardal, Paulo Reis Branco; Almeida, J.; Bressan, M. C.; Gama, LuisAo longo dos últimos anos, em muitos países, e como já é habitual em Itália, o peso vivo de abate de suínos tem registado um progressivo aumento, o que tem sido possível devido ao melhoramento genético de raças industriais, com potencial para produzir mais carne magra. Utilizaram-se 30 suínos, F1 cruzados de Landrace x Large White, castrados, submetidos a acabamento intensivo com alimento composto (Energia Bruta 3833 kcal / kg MS), distribuído ad libitum, até um peso elevado ao abate (90-160 kg de PV). Avaliou-se o desempenho produtivo dos animais, espessura da gordura e profundidade do Longissimus dorsi, in vivo, e peso de carcaça. Os animais foram pesados semanalmente e a ingestão de alimento controlada, individual e diariamente, permitindo calcular os GMD e IC. Efetuaram-se diversas medições, in vivo, da espessura da gordura (P1 - linha média da última vertebra torácica, P2 - a 6 cm da linha média ao nível da última vertebra torácica e P3 - linha média da última vertebra lombar) e da profundidade do Longissimus dorsi, por ultra-sonografia, aos 90, 120 e 160 kg PV. Os animais foram abatidos em matadouro experimental, registando-se o peso de carcaça, a quente e a frio (24 h post mortem), bem como o total das gorduras rejeitadas e miudezas. Os GMD dos animais foram de 828,3 ± 110,3 g e de 673,1 ± 112,2 g, nos períodos 90-120 kg e 120- 160 kg, respetivamente, o que representa um decréscimo de 19% do GMD, entre os períodos considerados. Nos mesmos períodos, os IC foram de 4,27 ± 0,32 e de 4,99 ± 0,49, representando um incremento de 17%. O consumo médio de alimento foi de 3,34 kg / dia. Para as três medições de espessura da gordura efetuadas e da profundidade do Longissimus dorsi, registou-se um crescimento constante ao longo do ensaio, no total de 1,1 cm, e de 1,2 cm, respetivamente. Observou-se apenas uma diferenciação do crescimento do P2, menos acentuado entre os 90 e os 120 kg, mas recuperando, no período 120-160 Kg. Os pesos médios da carcaça, a quente e a frio, foram respectivamente 132,1 Kg e 130 kg, representando 82,4% e 81% do peso vivo ao abate. Obteve-se um peso médio da perna (com chispe) de 19 kg. Os resultados obtidos indiciam uma possível utilização deste cruzamento na produção de suínos em sistema intensivo com objetivo de produção de pernas para presunto e com aproveitamento das restantes peças cárneas.
- Caracterização demográfica do cavalo lusitano (2ª parte)Publication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, Luis
- Avaliação genética para a funcionalidade no cavalo Lusitano: a equitação de trabalhoPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, Luis
- SnaPshot based genotyping of the RYR1 mutation in Portuguese breeds of pigsPublication . Carolino, M. I.; Vicente, António; Sousa, C.; Gama, LuisThe porcine stress syndrome or malignant hyperthermia is an inherited autosomic recessive disease, which results in neuromuscular disorders leading to death in homozygous individuals and is associated with deterioration of meat quality. The defect in susceptible animals results from modifications in the calcium release channel or Ryanodine Receptor (RYR1), with a mutation leading to a C to T transition in nucleotide 1843 of the gene. The objective of this work was to develop a method based on analysis of SNPs to detect the mutation described in the RYR1 locus in pigs, and study polymorphisms of the gene in four exotic (Large White, Landrace, Duroc and Pietrain) and three native (Bísaro, Alentejano and Malhado de Alcobaça) breeds of pigs in Portugal. The method was successful in identifying the mutation by analysis of SNPs, and results indicate a high incidence of the mutant allele in Pietrain (0.75) and, to a lesser degree, in Malhado de Alcobaça (0.34) and Landrace (0.28); frequencies in Alentejano, Bísaro and Large White ranged between 0.04 and 0.09. These results suggest the need to establish breeding programs aimed at eliminating the susceptibility allele from those populations.
- Indicadores demográficos no cavalo lusitanoPublication . Vicente, António; Carolino, Nuno; Gama, LuisO cavalo de Puro-Sangue Lusitano representa a principal raça equídea autóctone de Portugal, e tem um efectivo registado de aproximadamente 4 mil fêmeas reprodutoras. A partir da base de dados do Registo Nacional de Equinos da Fundação Alter Real compilou-se um ficheiro de genealogias com 50603 indivíduos, nascidos entre 1824 e 2007. Até 2007, o número de animais inscritos no Livro de Adultos (Reprodutores) da raça, era de 15 496 (4195 machos e 11301 fêmeas). O intervalo de gerações estimado foi de 10,4 anos (machos 11,2 e fêmeas 9,6 anos) sendo o número médio de gerações conhecidas de 10,1. O grau de preenchimento de genealogias na raça é muito completo, com cerca de 100% de preenchimento em pais, avós e bisavós dos animais actualmente existentes. Estimou-se o coeficiente médio de consanguinidade para a população em 9,91% para animais nascidos em 2006, sendo consanguíneos 98,4% dos animais nascidos. O DF/ano foi de 0,20% e o tamanho efectivo da população de 24,45 para os animais nascidos a partir de 1995 até 2006. Tem-se verificado um aumento da taxa de consanguinidade e redução no tamanho efectivo da população ao longo do tempo, com aumento nos últimos anos da frequência de indivíduos nas classes de consanguinidade mais elevada.
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